根据我国《民事诉讼法》的规定，在执行标的灭失后，申请人可以采取以下措施：
一是与被执行人达成和解协议，对判决确定的权利义务进行变更。根据我国《民事诉讼法》的规定，执行过程中，双方当事人自行和解达成协议的，执行员应当将协议内容记入笔录，由双方当事人签名或盖章。当事人按照和解协议履行完毕后，案件即视为执行完毕。因此，根据该规定，虽然执行标的物已经毁损，但是当事人之前经过自行和解达成协议，通过变更方式了结债务的，人民法院应予支持。如被执行人承诺在返还特定标的物的同时赔偿因标的物损坏造成的价值损失，或者在标的物灭失后被执行人同意给付申请执行人与特定物等价的金钱变通执行。以上和解协议，只要是当事人在自愿基础上真实意愿的表示，法院就应当予以支持，将和解协议记入笔录，由双方当事人签名或盖章。一旦双方依照协议履行完毕，案件即告执行完毕。
二是在特定标的毁损后，当事人双方无法达成和解协议的，申请人可以就标的毁损的事实另行起诉，要求被执行人对造成的损失予以赔偿。这是因为法院执行是严格依照执行依据进行，如生效法律文书中仅对特定物的给付予以明确，执行法院就仅能对特定物的给付予以执行。当执行标的毁损或灭失后，执行法院无权直接对造成的价值损失自行作出判断，该损失大小只有由法院的审判部门通过审判最终确定。因此当执行标的灭失或严重毁损已无执行意义后，原执行法院应当裁定终结执行，由申请执行人另行起诉，要求被执行人按照原标的物价值予以赔偿。
除此之外，被执行人是出于故意或恶意损坏执行标的的，依照我国《民事诉讼法》法院可以根据情节的轻重采取罚款、拘留等处罚措施。被执行人拒不履行判决情节严重的，将有可能构成拒不执行判决、裁定罪，直接追究被执行人的刑事责任。