实务中，发包人与承包人就已欠工程款签订以房抵顶工程款（即以房抵债）协议的情形较为常见。协议签订后，发包人又以建设工程施工合同未经法定招投标程序，违反了法律、行政法规的强制性规定为由，主张双方所签订的以房抵债协议亦应无效。对该以房抵债协议的效力如何认定，存在两种不同的观点：第一种观点认为，以房抵债，属于施工合同的一部分，施工合同无效，以房抵债协议也无效；第二种观点认为，以房抵债，属双方意思表示一致，应承认其效力。以房抵债协议的效力是否受施工合同无效的影响，应综合根据该协议的内容进行分析判定。从以房抵顶工程款的协议看，当事人约定的是用房屋（通常是在建房屋）抵顶已欠的工程款。根据相关司法解释的精神，不论施工合同有效与否，发包人都负有支付工程价款的义务。该以房抵顶工程款协议为当事人对欠付的工程款进行结算的约定，性质上属于发包人与承包人对既存债权债务关系的清理。相较于施工合同，以房抵顶高程款的协议具有相对的独立性，根据《合同法》第98条的立法精神，应认定其效力。
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