在审理合作开发房地产纠纷时，判断争议房屋产权的归属应当依据合作协议标的额约定以及房地产管理部门的登记情况全面分析。在没有证据证明双方变更了合作协议约定的情况下，一方当事人仅以为对方偿还部分债务或向对方出借款项、对争议房产享有优先受偿权，以及“五证”登记在其名下等事实为由，主张确认全部房产归其所有的，人民法院不予以支持。
合作双方在签订合作合同之后，合作项目在双方共同努力下得以优化变更，建筑面积在土地面积不变的情况下因容积率变化而得以增加。由于土地价值与容积率成正比，提供土地一方的出资部分因容积率增加而增值，其应分获得的房产面积亦应相应增加，该方当事人可按照原合同约定的分配比例请求分配新增面积部分。当事人对于应分得但未实际获得的不足部分，如让另一方实际交付不现实，可根据市场行情认定该部分房产价值，由另一方以支付现金的方式补足该部分面积差。